Poco más de un mes después del nombramiento de Aylwin como presidente de país, el 25 de abril de 1990, se creó la primera comisión de la verdad en Chile, conocida como la Comisión Nacional de Verdad y Reparación, presidida por Raúl Rettig. Su finalidad consistía en la investigación de las violaciones de derechos humanos con consecuencia de muerte que se produjeron entre el 11 de septiembre de 1973 y el 11 de marzo de 1990.

Durante ocho meses, la Comisión escuchó testimonios y documentó numerosos casos. Para lograr esto, fue fundamental las tareas de registro y archivos de las diferentes organizaciones defensoras de derechos humanos, en especial los archivos de la Vicaría de la Solidaridad. La Comisión recibió alrededor de 3.400 denuncias, de las cuales se clasificaron 2.279 como casos de víctimas de violencia política. A pesar de que la Comisión siguiera sin mencionar a los perpetradores de estos crímenes, sí logró documentar numerosos centros clandestinos de detención y tortura, y pudo identificar y analizar las estructuras y actuaciones de los servicios de inteligencia regulares e irregulares de la dictadura.

Tras la investigación, se elaboró un informe final que fue entregado al presidente de la República el 8 de febrero de 1991, aunque no se hizo público hasta marzo del mismo año. A este texto se le conoció como Informe Rettig.

Aun cuando la Comisión estaba compuesta por personas de todas las tendencias políticas, el informe no fue bien recibido por parte de las fuerzas armadas y del orden, ya que seguían estando bajo el mandato de Pinochet. Además, debido a la corta duración que tuvo la Comisión para realizar las investigaciones, hubo muchas personas que no lograron testimoniar y denunciar la desaparición o asesinato de algún ser querido. Tampoco la comisión pudo hacerse una idea exacta de muchos de los casos porque que no dispuso del tiempo necesario para realizar una búsqueda exhaustiva y procesar toda la información.