Los casos argentino y chileno se conectaron a través de una pieza separada del caso Argentina abierta por el juez Baltasar Garzón para investigar la llamada “Operación Cóndor”, que afectaba directamente a Pinochet.
La “Operación Cóndor” fue una red de perfecta coordinación criminal entre los servicios de inteligencia, policiales y otros cuerpos represores de Chile, Argentina, Uruguay, Paraguay, Brasil, Perú y Bolivia en el Cono Sur con tentáculos que se extendían fuera de Latinoamérica para delinquir en Estados Unidos, Italia, Francia y España. El objeto de la “Operación Cóndor” fue secuestrar, asesinar y hacer desaparecer a los opositores políticos de las mencionadas dictaduras.